“手搓测序仪”进阶-液路系统揭秘
上期,我们在业内首次开拆NGS测序仪:
从零开始手搓高通量测序仪
测序平头哥第2弹,为大家深度解密测序仪各大内部系统。
今天解密的是测序系统中最重要模块之一:
液路系统。
结合大家已经比较熟悉的illumina测序原理,
试想一下,液路系统起到什么功能?
以illumina测序原理为例,测序反应主要包括:
(1)桥式PCR扩增,DNA簇形成
将构建好的文库加载到流动池上。在适当的条件下,DNA片段会与流动池上的寡核苷酸结合,然后通过桥式PCR扩增,形成密集的DNA簇(cluster)。
(2)测序反应
包括:测序引物结合与碱基延伸、荧光检测与信号处理、修饰基团切除与下一个循环。
如上,在整个测序反应过程中,会涉及含测序引物、dNTP、聚合酶、缓冲液、洗脱液等一系列试剂的传输与控制。
液路系统的核心功能,即通过合理的系统设计和动力元件的调控,精确控制试剂的流速和流量,确保每种试剂都能准确无误地到达指定位置,从而构建合适的反应环境。
为实现该功能,液路系统的工作模块包括:
将上述功能简化,可直观展示为:
结合工作动画来看:
液路系统的具体工作过程为:
加载试剂盒和缓冲液盒 → SMA选择不同的试剂和缓冲液 → 进样泵开始吸取试剂到Flowcell内 → 进样泵吸取废试剂,排放到废液池中。
下面,分模块介绍。
(1)FAM-液路自动化模块
FAM位于测序仪中间的最下方,提供试剂切换功能。FAM下方放置测序试剂盒,FAM依靠内部的SMA,选择不同的试剂。
SMA在FAM的内部,左侧的试剂针在加载时可以穿透试剂盒。
SMA很少会出现问题,但如果液路压力上不去,排查过泵和FCLM等所有关键位置后,依然没有找到问题的话,就需要检查SMA了。
SMA内部的旋转阀如磨损严重,会导致密封不严,压力打不上去,则需要维修泵体。
(2)BSM-缓冲液模块
BSM模块可以自动升降,用来吸取缓冲液,通过SMA最后进入到Flowcell内。
(3)FCLM-Flowcell加载模块
FCLM是位于液路系统和光路系统中间的模块,
以图例机型为例,在FCLM上有2个manifold,每个manifold上有4个小孔,对应了Flowcell的4条通道。
如果液路系统故障,可能导致某条lane无法输送试剂,造成测序失败。
(4)Syringe & pump-进样泵模块
进样泵模块是液路试剂流动的动力来源,它位于液路系统的尾部,不论是吸取试剂还是缓冲液,它都参与其中。
进样泵模块出现最多的问题就是压力上不去,一般情况是管路有松动,或者有漏气。
(5)压力传感器
它会实时监测液路的压力。当实验出现问题时,可以通过压力传感器记录的数据,来判断液路有无故障。
(6)废液池
它位于缓冲液仓的下方,所有的液体最后都会流向废液池。
详细视频介绍,请参考:
NGS测序仪液路系统(上)
NGS测序仪液路系统(下)
下期,将给大家介绍:
NGS测序仪光路系统。
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