社区

2025年9月3日，我们阅兵，官宣了新品。

比如：空射电线杆~惊雷-1，这通天修为天塌地陷紫金锤...

呃，不好意思...串台了。（PS，咱们国产蛋白组学这也算惊雷了吧？）

总之，热血沸腾。

回过神来一看，哟呵，大洋彼岸也发新品了。

没错，说的就是Illumina的IPP（Illumina Protein Prep）正式发布了。

好好好，蹭热度是吧？那我也蹭一下，不介意吧？比如咱们国产的好产品也蹭下没问题吧？

声明：Illumina一毛钱都没给，绝对不是广告，如果赞赏纯属自愿（估计咩有）。

哦对了，想整个蛋白组学的群，感兴趣的加我（暗号：蛋白组学）

#01

丝滑小连招

Illumina Protein Prep（IPP）我们是熟悉又陌生，而且这个名字应该是我们先叫出来的吧？

早在2025年1月14日，我们<Illumina疾速反击>一文中是这么写的：

Illumina！打钱！

开个玩笑，事实上人家内部早就叫这个名字了，参加Early Access Plan（EAP）的朋友们也早就熟悉了。

根据Illumina披露的信息，IPP 6K（6000种蛋白）已经完成了30000例检测，IPP 9.5K已经完成6000例检测。

因此稳定性基本已经得到了验证，这次算是正式商业化的官宣而已。

先拿SomaLogic授权、通过EAP测试市场接受度、买断SomaLogic资产后再正式推出IPP，Illumina这一套丝滑小连招可以啊。

估计EAP不好就直接丢弃了，各位股东朋友们，学起来啊。

好，这些大家都知道的我们就不聊了，聊点刺激的

#02

刺激匹配

SomaLogic的SOMAmer蛋白组学技术的底层技术咱们不细说了，需要的可以去建设兄那边看这篇文章。

我们只需要理解技术原理就行，方便我们假装懂让小（金）姑（主）娘（爸）们（爸）眼睛冒小星星就可以。

SOMAmer 试剂包含靶蛋白结合物、UV敏感连接子、荧光基团和人工核酸序列。

首先，样品中的蛋白质与结合在链霉亲和素磁珠上的SOMAmer 试剂形成复合物（complex），与SOMAmer 试剂结合的蛋白质在暴露于溶剂的赖氨酸残基上进行生物素化（相互作用表面受结合的SOMAmer 所保护）。

第二步，洗去未结合蛋白，再用缓冲液洗涤并暴露于紫外线下以打断光可裂解连接物，从而将SOMAmer-蛋白质复合物释放到溶液中。

第三步，再次用链霉亲和素磁珠富集捕获的蛋白。

SomaLogic的常规下一步就是与生物素化蛋白质结合的SOMAmer 试剂在变性条件下洗脱，然后加入与SOMAmer人工序列互补的微孔板上，上机读取荧光数值，定量定性分析。

很简单吧？

那么，NGS版Illumina会怎么做呢？

第一步，富集之后的SOMAmer试剂与一对探针进行杂交，其中一条带生物素标记，另一条带着SOMAmer特定识别barcode。

这里猜测barcode那条探针还带着UMI（Unique Molecular Identifier，分子标签）用来定量，Illumina没公开细节纯粹瞎猜。

第二步，过夜孵育后用磁珠捕获复合物，洗脱去除未结合部分，然后用PCR加上index和接头。

第三步，测序、分析。

这里有野生吴彦祖要问了，既然SOMAmer原来就带特定的序列来结合微孔板啊，咋不直接PCR加接头直接用？

问的好...因为那真的没办法加测序接头啊...

至于为什么用一对探针来捕获SOMAmer...这个问评论区吧，我真不知道。

好，原理看完你会发现，Illumina的IPP这特么是经过了3轮的捕获啊。

还要孵育、过夜杂交，特么太复杂了。

不要着急，有IPPAS来帮你。

#03

闭环

IPPAS=Illumina Protein Prep Automation System，哪怕你简化下叫IPAS呢...

Illumina真的，这缩写跟我们的公众号“循因缉药”一样难记。

墙裂建议改了，免收授权费。

说回来这个自动化，就不得不放这张图了。

Emm，这两个自动化工作站看起来别无二致，实际上毫无关联。

因为一个是Illumina家的IPPAS，一个是Tecan家的Fluent。那您要是头铁，就是不想买IPPAS而是用实验室牛马行不行？

对不起，不行。

目前，只有自动化流程哦亲。

Illumina：“特么不让老子卖测序仪，这蛋白组还不让老子割一把？宝宝心里苦啊”。

反正，就是为客户着想嘛，这是解决方案。

买了设备，总得用起来，不然白买；

要用试剂，必须得买设备，不然白买。

这叫什么？叫闭环。

#04

下单吧，英雄！

简单看下来，IPP这玩意天然是为服务商准备的。

每个实验室自己搞一摊，显然不是特别现实。

当然...不排除大佬。

最后想分享两个细节：

第一，IPP动态范围能达到10个log，与Olink相同很不错了，但是低于Alamar NULISA 技术的12个log。

第二，这玩意一张NovaSeq X 25B的芯片能测340个样品44个Control，也就是384个。

粗略估算，一个样本大概需要60M左右的reads。

Ok，今天的分（胡）享（扯）就到这里了。