星海领航员

NGS从业者,肿瘤早筛、CGT、基因编辑领域探索者。

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      ·09-18

      闲鱼上那些逆天的测序仪

      朋友们,生命科学行业虽然看着高大上,其实比谁都知道省(抠)钱(搜)。毕竟项目虽大,项目预算却不大。大家各显神通的手段也不尽相同,但是,总有绕不过去的一个神器:闲鱼。运用得当,从2块钱的枪头到百十块钱的离心机都能淘到。那么,大型仪器特别是测序仪有么?有兄弟,有的,而且非常炸裂。MegaBACE 1000首先登场的是MegaBACE 1000测序仪,大约1998年左右上市。强大的性能使其能在3小时内完成800bp的测序。状态看起来不错,只要1XXXX,感兴趣收藏的可以拖回来试试能不能开机。收藏,似乎也不错。SOLiD 5500 XL下面出场的是来自Applied Biosystems(被Thermo收购)的 SOLiD 5500 XL 测序仪,大约2008年上市(错了评论区纠正下,谢谢),能够提供一次20Gb的测序通量。不要被宣传图上的大小给误导了,其实这货大概这么大。支持2个flowcell,以及极为先进的双色编码技术(一言难尽)。Roche 454 Genome Sequencer FLX同样在2008年,454 推出了Genome Sequencer FLX测序仪, 焦磷酸法测序,读长400-500bp。Ion Torrent PGM2010年,Ion Torrent(后被Thermo收购)推出 Ion Personal Genome Machine(PGM)测序仪。这款基于半导体测序的平台测序速度极快(2-8小时),并且能够适配多种测序芯片。缺点就是,刚开始做油包水成功率感人、价格极为心碎...那么,测序仪界的龙头Illumina就不配拥有姓名吗?有的,兄弟,有的。下面有请....Illumina GAII在哪个群星璀璨的2008年,Illumina推出了划时代的Illumina Genome Analyzer II。自此,SOLiD遁去,454折戟,Ion
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      ·09-11

      啥?38%的肺癌其实“没切干净”?!

      这不是我说的啊,这是基于一项基于Foresight Diagnostic的MRD检测技术CLARITY的研究结果。这项临床来自加拿大的ctDNA-Lung DETECT研究(NCT05254782)。这项研究入组了TNM分级中T1-T4N0M0切肿瘤大小至少1cm以上的非小细胞患者(NSCLC)。他们在术前和术后均会进行ctDNA MRD检测。然后进行为期36个月的随访,统计。研究结果显示,术前MRD的检出率是68%(67.9%),而术后的MRD检出率仍然有38%(37.9%)。那么是不是意味着有38%的患者其实是“没切干净”?当然,不能这么说。。。。根据公开的信息,本次纳入研究的有30例患者,少了。其中病理达到III/IV期的有6例,占比20%,高了。MRD阳性与术后复发高度相关,55%的复发患者在术后的基准检测(术后3-6周)为阳性。这个结果远远高于此前该公司在2024年的研究中公布的10%。一个可能的原因是Foresight的MRD检测方案更为激进,先使用WGS对肿瘤组织进行测序,选取最多5000个体细胞突变进行后续的靶向测序。而之前2024年公布的结果则是使用NeoGenomics的RaDaR,基于WES肿瘤组织测序,使用48个位点进行定制。这也是Foresight声称能达到1个PPM(百万分之一)检测下限的活广告。啥?你问5000个位点定制得多少钱?笑话,美利坚医保有钱,我加麻大医保就没钱了?最后,这里有个坏消息。术前或者术后MRD阳性的患者,即便使用化疗或靶向药其无复发生存时间(Relapse Free Survival,RFS)都更短。这,真是个悲伤的故事...END
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      ·09-09

      燃石:“嗑药上瘾”

      对于咱们号熟悉的朋友们看完燃石2025Q2的财报一定有一个感觉:尽在掌握。当然,看完之后你会同意今天这个标题的。#01意料之中2025年9月8日,肿瘤NGS扛把子燃石医学发布了2025第二季度财报。财报显示,公司营收达到1.485亿元人民币,同比增长9.6%,环比大增11.6%。当下宏观环境,不容易。看这张图,你会发现这是近3年来营收第二高点,近2年来的极值。入院业务营收达到创纪录的6250万元人民币,同比增长4.3%,环比增长8.3%。中心试验室业务营收达到4090万元人民币,同比下滑16.2%,环比增长6.8%。二者剪刀差继续拉大,显示出燃石在走入院的步伐是相当坚定。照例,燃石给出了“魔法”之后的“盈利”数字4510万。我们,照例不看....直接看净亏损,燃石本季度净亏损970万元人民币,继续缩窄,符合预期。因此,我们仍然保持2025年扭亏为盈的预期不变。那么,他是怎么做到的?#02继续“抠搜”上个季度,我们就提出了“抠搜但有用”的观点。燃石也在继续坚定执行这一策略,看下面这张图。燃石的市场销售费用继续下降,已经达到25%的历史性低位。这一样面是由于燃石的“抠搜”,另一方面与入院业务持续扩大正相关。但是,这会带来一个负面的效果:毛利率下降。从上图近两年毛利率的变化可以看出,燃石毛利率已经来到75%左右的中枢位置。很可能,2024全年74.9%的毛利率很难维持。当然,这是入院业务提升的一体两面。如何权衡,要靠管理层的智慧了。这里一个合理的解法也非常明确:“嗑药”。#03“嗑药上瘾”我们看这张图,燃石的药企合作业务达到创纪录的4520万元人民币,为近三年的极值。同比增长68.0%,环比增长21.8%,成为所有业务中最靓的仔。我们如果去除该项业务后,燃石的营收就只剩下1.03亿元,甚至同比是下滑的。建议,茅总(燃石药企合作负责人)使用上面的表情包。2025Q1的时候,我们说:
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      ·09-05

      我就蹭蹭...扒下Illumina 蛋白组学新产品IPP

      2025年9月3日,我们阅兵,官宣了新品。比如:空射电线杆~惊雷-1,这通天修为天塌地陷紫金锤...呃,不好意思...串台了。(PS,咱们国产蛋白组学这也算惊雷了吧?)总之,热血沸腾。回过神来一看,哟呵,大洋彼岸也发新品了。没错,说的就是Illumina的IPP(Illumina Protein Prep)正式发布了。好好好,蹭热度是吧?那我也蹭一下,不介意吧?比如咱们国产的好产品也蹭下没问题吧?声明:Illumina一毛钱都没给,绝对不是广告,如果赞赏纯属自愿(估计咩有)。哦对了,想整个蛋白组学的群,感兴趣的加我(暗号:蛋白组学)#01丝滑小连招Illumina Protein Prep(IPP)我们是熟悉又陌生,而且这个名字应该是我们先叫出来的吧?早在2025年1月14日,我们<Illumina疾速反击>一文中是这么写的:Illumina!打钱!开个玩笑,事实上人家内部早就叫这个名字了,参加Early Access Plan(EAP)的朋友们也早就熟悉了。根据Illumina披露的信息,IPP 6K(6000种蛋白)已经完成了30000例检测,IPP 9.5K已经完成6000例检测。因此稳定性基本已经得到了验证,这次算是正式商业化的官宣而已。先拿SomaLogic授权、通过EAP测试市场接受度、买断SomaLogic资产后再正式推出IPP,Illumina这一套丝滑小连招可以啊。估计EAP不好就直接丢弃了,各位股东朋友们,学起来啊。好,这些大家都知道的我们就不聊了,聊点刺激的#02刺激匹配SomaLogic的SOMAmer蛋白组学技术的底层技术咱们不细说了,需要的可以去建设兄那边看这篇文章。我们只需要理解技术原理就行,方便我们假装懂让小(金)姑(主)娘(爸)们(爸)眼睛冒小星星就可以。SOMAmer 试剂包含靶蛋白结合物、UV敏感连接子、荧光基团和人工核酸序
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      ·09-04

      蹲到后续!Foresight与Roche达成和解

      2024年7月1日,Roche对Foresight Diagnostics 发起诉讼,涉及CAPP-Seq专利纠纷。2025年9月2日,双方达成和解。根据协议条款,Foresight 授予罗氏一项有限的、需支付专利使用费的非排他性分许可,允许其在特定专利范围内使用“Phased variant Enrichment and Detection by Sequencing”(PhasED-Seq)技术,开发用于非霍奇金淋巴瘤的体外诊断试剂盒。当初,Roche提出5大诉求:1. 侵犯商业秘密:根据美国联邦法律和加州法律,主张被告不当获取、披露和使用Roche的商业秘密。2. 违反合同:主张Dr. Kurtz违反了他与Roche签订的合同中的条款,包括未披露和未转让相关的发明。3. 违反诚信与公平交易的默示契约:主张Dr. Kurtz违反了默示契约,不公平地干预了Roche根据合同应得的利益。4. 不公平竞争:主张Foresight和斯坦福大学根据加州商业和职业法典,从事不公平竞争行为。5. 专利所有权声明:主张Roche对争议专利申请拥有所有权,并要求法院确认其权利。各位大佬欢迎移步移步批阅:七月的专利诉讼人满为患七月的专利诉讼人满为患
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      ·08-27

      MRD|金针大海捞,中美有绝招

      2025年8月20日,吉因加“肿瘤分子残留病灶检测试剂盒(联合探针锚定聚合测序法)”正式进入创新医械特别审查程序。这意味着,中国的MRD IVD产品离监管层获批又进了一步。无独有偶,美帝果然一直在盯着我们(不是)。2025年8月25日,Quest宣布自家的MRD检测产品获得FDA突破性医疗器械认定。那么,我们想借着这个机会聊一下MRD(主要指实体瘤MRD)的几个技术路线。图先放这里,我们大概沿着不同的技术路线、代表性的公司和产品这个思路来简单聊下。毕竟,深入去聊您看不下去,我装不下去,双输。#01“固定派”所谓固定派,就是我们常说的Tumor naive或Tumor agnostic。一般情况下,固定派只用一种Panel或Panel组合检测患者的MRD情况。这个Panel可以是突变的,也可以是甲基化的,还可以是突变+其他的。固定派无需手术切除组织的突变信息,也被称为“Tissue-free”方案。先看突变Panel(Mutation):其代表产品是CAPP-seq和背后的CAPP Medical,在2014年由斯坦福大学的Ash Alizadeh和Maximilian Diehn两位科学家研究开发。其初始版本LoD(limit of detection,最低检测限)在0.02%左右,随后经过迭代达到0.004%(十万分之四)甚至更低。2015年,Roche宣布收购CAPP Medical。甲基化Panel(Methylation)毫无疑问,甲基化固定Panel的路线最为代表性的公司就是美国Guardant Health,产品名称Guardant Reveal。通过检测20000个区域的甲基化情况,进而判断患者的MRD状态。Guardant Reveal的LoD在0.01%(万分之一)左右,Guardant也为Reveal启动了大量的临床试验,并获得了医保报销资格。突变+其他
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      ·07-17

      Twist的高通量DNA合成统治地位迎来挑战!中国合成仪开卖!

      十年前(2015年),华大基因携 BGISEQ-500 测序仪横空出世,在高通量测序,也就是“读”的领域,给了世界一个选择的机会。次年,华大智造成立,国产测序设备供应商和服务商如雨后春笋般涌现,NGS 行业进入了爆发期。而在“写”,也就是高通量 DNA 合成的领域,自从 CustomArray 和 Gen9 纷纷被金斯瑞和我们的老朋友 Ginkgo Bioworks 收购,Twist Bioscience 就几乎独步天下,几乎成为 NGS 大 Panel、突变文库、gRNA 文库等应用方向的垄断型供应商。压电喷墨法 DNA 合成设备的精密结构、设备体积和相关出口管制,也让为数不多的设备开发者轻松维持着垄断地位。这使得高通量 DNA 合成仅有服务商,没有设备供应商,无法形成如测序行业一般“设备 + 服务”的成熟商业模式,无法形成有效竞争,高通量 DNA 合成产物的价格也居高不下。而今,我们在“写”的领域,也终终终于迎来了选择的机会:第一,我们可以选择国内的产物服务供应商,以获得更快速和高性价比的产物交付;第二,可以把高通量 DNA 合成仪搬回自己的实验室,从此无需再忍耐服务商的交付周期;第三,不再受限于常规合成服务的天然碱基单体,可以开发专属特殊单体、简并碱基和修饰单体,合成高度定制化的产物。像华大基因一样带给了我们选择权的,是一家半导体生命科学工具公司——杭州领挚科技。(跟DeepSeek/宇树科技一样,来自西湖醋鱼的故乡,含金量自行判断)深耕于 TFT 半导体(一种传统用于显示屏幕中的芯片)的设计和生命科学应用开发多年,领挚科技于近日上线了生命科学全线产品:包括挚合™系列高通量寡核苷酸微阵列合成仪,以及包含寡核苷酸池、寡核苷酸微阵列芯片在内的高通量 DNA 合成产物。让我们来看看这些新产品有什么亮眼之处,是否能有与 Twist 的一战之力:而这些创新的新尝试,是
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      ·07-16

      艾克发生物:空间蛋白质组学国产化8年突围路

      2020年,Nature Methods杂志将空间转录组学(Spatial Transcriptomics)技术评为年度技术方法。2022年,空间组学(Spatial Omics)技术被Nature评为年度值得关注的七大“颠覆性”技术。2023年,《World Economic Forum》空间组学技术被评为2023年十大新兴技术。2024年,空间蛋白组学技术被《Nature methods》评为2024年年度技术。空间组学技术蓬勃发展,迎来技术爆发期,各类改进技术和配套仪器更是层出不穷,俨然成为了生命科学界的“当红炸子鸡”,被誉为引爆生命科学领域的“下一个风口”。在这场空间组学的全球科技竞赛中,中国力量如何完成从技术引进到自主创新的接力跨越?01技术破壁:空间蛋白组的国产化拐点空间蛋白组学技术保留了组织微环境中细胞定位与相互作用的生命密码,为肿瘤免疫、神经退行性疾病等复杂疾病研究提供了全新视角。然而,空间蛋白组学核心技术长期被国际巨头垄断,国产化进程面临三重挑战:1)成像精度瓶颈:实现亚细胞级分辨率需突破光学、算法多重技术壁垒;2)临床转化鸿沟:科研发现到临床应用需要标准化、合规化路径;3)数据分析门槛:海量空间数据依赖专业生物信息学解读能力;      正是在这样的背景下,一场静默的国产化接力悄然开启。02接力突围:国产化的四棒征程第一棒:技术引进来(2018-2020)    艾克发生物创立之初,国内空间蛋白组学领域几乎空白。团队率先引进国际先进技术平台,构建染色标记、高精度扫描和AI数据分析三大基础模块。这一阶段解决了“从无到有”的问题,但核心试剂与设备仍依赖进口。第二棒:核心破垄断(2022里程碑)    2022年7月,艾克发生物自主研发的AlphaTSA® 7色试剂盒通过IVD认证
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    • 星海领航员星海领航员
      ·07-15

      CycloneSEQ兑现承诺!国产纳米孔测序新征程开启!

      最近,咱们的国产纳米孔测序是真的热闹。这张图,大家一定不陌生。我们当时在华大开完CycloneSEQ的发布会是这么评论的:...华大这一次不按套路出牌...也许这跟他们内心的一股劲有关...“别人可以做到,我一定可以更好”国产纳米孔测序全面进入Q20战争状态结果,在这篇文章中变成了蛐蛐CycloneSEQ的“梗图”估计不止我一个人想看华大到底能不能兑现这个承诺,不然可就不只是梗了。唉,您猜怎么着?华!大!智!造!回!应!了!当然,人家肯定不是针对我们这一个小破号...可能只是既定的研发节奏,顺手“灭一下”我们而已...这脸打得是...不过,咱还是高兴的。今天,咱们就来好好聊聊华大智造纳米孔测序的事。#01兑现承诺大家应该记得,咱们的图里其实是两个关键性能参数:通量:400Gb单次准确度:Q20华大智造2025年7月11日用这一篇文章,宣告他们兑现了当初的承诺!单张芯片单次运行,在CycloneSEQ G400-ER上跑出了402.9Gb的产出!再来看准确度方面的答案。不仅包含了人基因组的数据,还包含了E.coli、酵母、枯草杆菌等多个物种的数据。单次准确度均达到99%以上,也就是全面的突破了Q20!不仅如此,我们如果回过头来看近期CycloneSEQ的动作就会发现一个惊人的事实:中国纳米孔测序正在挺进全新的“无人区”。#02“无人区”新征程这事,要从改名开始说起。2025年7月8日,由华大智造联合华大序风发布的高通量单分子纳米孔基因测序仪CycloneSEQ-WT02(正式更名为“G100-E”)。由此,华大智造目前两款在售纳米孔测序仪从命名规则上得到了统一。不过,关键是后面一句:通过医疗器械检测机构多角度、全方位的检验,获得医疗器械检验报告。这也是国内首张高通量单分子纳米孔基因测序仪医疗器械检验报告关注国产纳米孔测序的朋友们别着急掏出齐碳的那张证diss,这里说的是高通量
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    • 星海领航员星海领航员
      ·07-14

      杜氏肌营养不良(DMD)治疗又出事了...

      我们一直关注罕见病的创新疗法动向,既然是罕见病,必然热度也是罕见的低...然而,这并不是最惨的。做罕见病疗法的药企有的时候才是真的惨...DMD基因治疗史上的黑暗一天比如,Sarepta的Elevidys就是范例。由于造成2例患者死亡,Sarepta股价当天就暴跌了38%。后续的消息是FDA已经介入调查。不过,DMD圈最近是麻烦不断。2025年7月11日,Capricor Therapeutics治疗DMD相关心肌病的细胞疗法deramiocel(CAP-1002)的生物制品许可申请 (BLA) 收到了美国FDA的完整回复函 (CRL)。经常在FDA申报新药上市的小伙伴们都知道,收到CRL就意味着上市基本无望了。Capricor 给出了FDA拒绝deramiocel上市的理由:第一,该申请未达到“充分有效性证据”的法定要求,并要求补充临床数据。第二,FDA认为,产品的生产存在尚待解决的若干问题。我们一个一个来看。先补充下背景知识,这个deramiocel是个啥。Deramiocel(CAP-1002)由同种异体心肌球来源细胞( cardiosphere-derived cells,CDCs)制备而成,这类细胞是一种源自供体心脏组织的心脏祖细胞。CDCs被分离后再进行体外扩增,然后冻存,据认为可减轻杜氏肌营养不良(DMD)患者的炎症、减缓肌肉退化,并促进肌肉再生。在该公司一项随机双盲安慰剂对照的II期临床试验中,入组了20例患者,其中12例安慰剂对照,8例治疗。主要终点使用PUL v1.2(Performance of Upper Limb version 1.2)量表评估,这是专门为杜氏肌营养不良(DMD)患者设计的一种上肢功能评估量表。次要终点是左心室射血分数(LVEF)和PUL v2.0量表评估结果。其结果是PUL v1.2量表评估显示71%改善,减缓心脏疾病
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